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2012, Número 2

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Rev Mex Ing Biomed 2012; 33 (2)


Un algoritmo de Consenso para la Busqueda Aproximada de Patrones en Cadenas de Protenas

Alba A, Rubio-Rincon M, Rodrguez-Kessler M, Arce-Santana ER, Mendez MO

Idioma: Español
Referencias bibliográficas: 21
Paginas: 87-99
Archivo PDF: 783.78 Kb.


RESUMEN

En bioinformatica, una de las principales herramientas que permiten la localizacion de caractersticas comunes en cadenas de protenas o ADN de distintas especies es la busqueda aproximada de cadenas. Desde el punto de vista computacional, la di cultad de la busqueda aproximada de cadenas radica en encontrar medidas adecuadas para comparar dos cadenas de manera e ciente, dado que en muchos casos se desea realizar busquedas en tiempo real, dentro de bases de datos de gran tama~no. En este artculo se propone un metodo novedoso para la busqueda aproximada de cadenas basado en una generalizacion del algoritmo propuesto por Baeza-Yates y Perleberg en 1996 para calcular la distancia de Hamming entre dos secuencias, y una etapa de postprocesamiento que permite reducir de manera signi cativa el numero de falsos positivos reportados por el algoritmo. El metodo propuesto ha sido evaluado a traves de casos sinteticos con secuencias aleatorias, y con casos reales de secuencias de protenas de plantas. Los resultados muestran que el algoritmo propuesto es altamente e ciente en terminos computacionales y en especi cidad, en particular al ser comparado con un metodo publicado anteriormente, basado en la correlacion de fase.


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