medigraphic.com
ISSN 1990-7990 (Digital)
Revista Universitaria

2020, Número 3

<< Anterior Siguiente >>

Universidad Médica Pinareña 2020; 16 (3)


Epidemiología genómica del virus SARS-CoV-2 con una plataforma bioinformática

Iglesias-Osores S, Tullume-Vergara PO, Acosta-Quiroz J, Saavedra-Camacho JL, Rafael-Heredia A

Idioma: Ingles.
Referencias bibliográficas: 22
Paginas: 1-12
Archivo PDF: 1850.92 Kb.


RESUMEN

Introducción: las epidemias virales han demostrado ser un riesgo para la salud humana, ya que pueden convertirse en pandemias y afectar a gran parte de la población, especialmente a los países pobres en vías de desarrollo. En este año 2020 la pandemia mundial por la COVID-19 está en marcha. Actualmente se están llevando a cabo investigaciones que muestran datos que combinan tanto la información genética como la social, las cuales pueden cambiar nuestra comprensión acerca de la dinámica de la epidemia.
Objetivo: describir la herramienta tecnológica basada en la ciencia de datos, denominada Nextstrain, que permite visualizar las epidemias con los datos más actualizados en tiempo real, utilizando las bases de datos académicas.
Desarrollo: actualmente hay secuencias virales de 57 países en 6 continentes. El antepasado común del virus que circula en el mundo surgió en Wuhan (China), a finales de 2019, y desde donde se supone que ha mutado hacia los seres humanos a partir de murciélagos y pangolines. En lo que respecta al seguimiento, se han realizado trabajos de investigación con este instrumento en países como Taiwán, Francia y Finlandia, que han podido determinar el lugar de origen de las cepas del SARS-CoV-2 que causan los brotes en sus respectivos países. Nextstrain permite compartir libremente los análisis filogenéticos de varios autores de diferentes países, así como analizar el amplio trabajo realizado sobre la epidemiología del virus.
Conclusiones: Nextstrain es una herramienta creada a partir de grandes bases de datos que brinda una mejor visión acerca de patógenos de interés para la epidemiología mundial. Su uso se apoya en herramientas bioinformáticas y muestra esta información a través de un entorno agradable y comprensible.


REFERENCIAS (EN ESTE ARTÍCULO)

  1. Fong IW, Fong IW. Emerging Animal Coronaviruses: First SARS and Now MERS. In: Emerging Zoonoses [Internet]. Springer International Publishing; 2017 [cited 14/06/2020]. p. 63–80. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-50890-0_4

  2. Chan JFW, Kok KH, Zhu Z, Chu H, To KKW, Yuan S, et al. Genomic characterization of the 2019 novel human-pathogenic coronavirus isolated from a patient with atypical pneumonia after visiting Wuhan. Emerg Microbes Infect [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];9(1):221–36. Available from: https://doi.org/10.1080/22221751.2020.1719902

  3. Kamel Boulos MN, Geraghty EM. Geographical tracking and mapping of coronavirus disease COVID-19/severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) epidemic and associated events around the world: How 21st century GIS technologies are supporting the global fight against outbreaks and epidemics. Int J Health Geogr [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];19(1):8. Available from: https://doi.org/10.1186/s12942-020-00202-8

  4. Burke RM, Midgley CM, Dratch A, Fenstersheib M, Haupt T, Holshue M, et al. Active Monitoring of Persons Exposed to Patients with Confirmed COVID-19 - United States, January-February 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];69(9):245–6. Available from: https://www.cdc.gov/mmwr/volumes/69/wr/mm6909e1.htm

  5. Su S, Wong G, Shi W, Liu J, Lai ACK, Zhou J, et al. Epidemiology, Genetic Recombination, and Pathogenesis of Coronaviruses [Internet].Trends Microbiol [Internet]. 2016 [cited 14/06/2020]. 24(6):490-502. Available from: https://doi.org/10.1016/j.tim.2016.03.003

  6. Lu R, Zhao X, Li J, Niu P, Yang B, Wu H, et al. Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];395(10224):565–74. Available from: https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8

  7. Pybus OG, Fraser C, Rambaut A. Evolutionary epidemiology: preparing for an age of genomic plenty. Philos Trans R Soc B Biol Sci [Internet]. 2013 [cited 28/04/2020];368(1614):20120193. Available from: https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rstb.2012.0193

  8. Ladner JT, Grubaugh ND, Pybus OG, Andersen KG. Precision epidemiology for infectious disease control. Nat Med [Internet]. 2019 [cited 14/06/2020];25(2):206–11. Available from: https://dx.doi.org/10.1038/s41591-019-0345-2

  9. Von Bubnoff A. Next-Generation Sequencing: The Race Is On. Cell Press [Internet]; 2008 [cited 14/06/2020]. 132:721–3. Available from: https://doi.org/10.1016/j.cell.2008.02.028

  10. Hadfield J, Megill C, Bell SM, Huddleston J, Potter B, Callender C, et al. Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution. Bioinformatics [Internet]. 2018 [cited 10/04/2020];34(23):4121–3. Available from: https://academic.oup.com/bioinformatics/article/34/23/4121/5001388

  11. Rife BD, Mavian C, Chen X, Ciccozzi M, Salemi M, Min J, et al. Phylodynamic applications in 21st century global infectious disease research. Glob Heal Res Policy [Internet]. 2017 [cited 14/06/2020];2(1):1–10. Available from: https://dx.doi.org/10.1186/s41256-017-0034-y

  12. Sagulenko P, Puller V, Neher RA. TreeTime: Maximum-likelihood phylodynamic analysis. Virus Evol [Internet]. 2018 [cited 14/06/2020]; 4(1):vex042. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/29340210

  13. Chen N, Zhou M, Dong X, Qu J, Gong F, Han Y, et al. Epidemiological and clinical characteristics of 99 cases of 2019 novel coronavirus pneumonia in Wuhan, China: a descriptive study. Lancet [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];395(10223):507–13. Available from: https://doi.org/10.1016/s0140-6736(20)30211-7

  14. Wang JT, Lin YY, Chang SY, Yeh SH, Hu BH, Chen PJ, et al. The role of phylogenetic analysis in clarifying the infection source of a COVID-19 patient. Journal of Infection [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020]; 81(1): 147–178. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.jinf.2020.03.031

  15. Bal A, Destras G, Gaymard A, Bouscambert-Duchamp M, Valette M, Escuret V, et al. Molecular characterization of SARS-CoV-2 in the first COVID-19 cluster in France reveals an amino-acid deletion in nsp2 (Asp268Del). Clinical microbiology and infection [Internet]. NLM (Medline); 2020 [cited 14/06/2020]; 26(7): 960–962. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.cmi.2020.03.020

  16. Haveri A, Smura T, Kuivanen S, Österlund P, Hepojoki J, Ikonen N, et al. Serological and molecular findings during SARS-CoV-2 infection: the first case study in Finland, January to February 2020. Eurosurveillance [Internet]. 2020 [cited 28/04/2020];25(11):2000266. Available from: https://www.eurosurveillance.org/content/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.11.2000266

  17. Padilla-Rojas C, Lope-Pari P, Vega-Chozo K, Balbuena-Torres J, Caceres-Rey O, Bailon-Calderon H, et al. Near-Complete Genome Sequence of a 2019 Novel Coronavirus (SARS-CoV-2) Strain Causing a COVID-19 Case in Peru. Microbiol Resour Announc [Internet]. 2020 [cited 14/06/2020];9(19):[aprox.10 p]. Available from: https://dx.doi.org/10.1128/MRA.00303-20

  18. Elbe S, Buckland-Merrett G. Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Glob Challenges [Internet]. 2017 [cited 14/06/2020];1(1):33–46. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31565258

  19. Kamps R, Brandão RD, van den Bosch BJ, Paulussen ADC, Xanthoulea S, Blok MJ, et al. Next-generation sequencing in oncology: Genetic diagnosis, risk prediction and cancer classification. International Journal of Molecular Sciences [Internet]. 2017 [cited 14/06/2020]; 18(2): 308. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/ijms18020308

  20. Kato K. Impact of the next generation DNA sequencers. Int J Clin Exp Med [Internet]. 2009 [cited 28/04/2020];2(2):193–202. Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19684890

  21. Chua EW, Ng PY. MinION: A novel tool for predicting drug hypersensitivity? Front Pharmacol [Internet]. 2016 [cited 14/06/2020];7(JUN):1–7. Available from: https://doi.org/10.3389/fphar.2016.00156

  22. Goodwin S, McPherson JD, McCombie WR. Coming of age: Ten years of next-generation sequencing technologies. Nat Rev Genet [Internet]. 2016 [cited 14/06/2020];17(6):333–51. Available from: https://doi.org/10.1038/nrg.2016.49




2020     |     www.medigraphic.com